Původní projekt vycházel ze vzdělávacího programu Malá teologie, který byl realizován tajně v době komunismu od r. 1979. Nový vzdělávací program, v němž na teologii navazovala výuka sociální práce a sociální pedagogiky, byl během dalších let postupně aktualizován a zkvalitňován.
Dálkové studium Jaboku původně pokračovalo v programu Malé teologie, později se však začalo také více orientovat na sociální oblast. Od roku 2004/2005 se dálkové studium neotvírá, protože je nahrazeno kombinovanou formou bakalářského studia na ETF UK.
V roce 1999 byla uzavřena smlouva o spolupráci mezi Jabokem a Evangelickou teologickou fakultou Univerzity Karlovy.
V roce 2006 byla na základě nového školského zákona změněna právní forma školy: místo dosavadní církevní právnické osoby se stala školskou právnickou osobou.
V roce 2007 bylo založeno v rámci VOŠ Jabok Centrum dalšího vzdělávání, které připravuje kurzy dalšího vzdělávání pro pracovníky v sociálních službách a pro pedagogické pracovníky.
Ředitelem Jaboku byl od r. 1993 do ledna 2001 Libor Ovečka, od února 2001 do ledna 2002 Vladimír Roskovec, od února 2002 do června 2003 opět Libor Ovečka a od července 2003 je ředitelem Michael Martinek.