V červnu 1999 byla podepsána dohoda mezi Jabokem a Evangelickou teologickou fakultou Univerzity Karlovy v Praze o spolupráci při uskutečňování bakalářského studijního programu „Pastorační a sociální práce“.
Tím je studentům Jaboku umožněno, aby dosáhli vysokoškolského titulu bakalář. Obě instituce tím přispívají i k naplňování ekumenické spolupráce církví a poskytováním státem uznané kvalifikace podporují zapojení církví do života společnosti.
Studenti Jaboku mají možnost se během studia přihlásit na bakalářský obor Pastorační a sociální práce Evangelické teologické fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Mohou pak studovat paralelně na obou školách, asi 80% předmětů absolvovaných na VOŠ je studentům bakalářského programu uznáno. Studium může být ukončeno dvojím ukončením s titulem „diplomovaný specialista“ a „bakalář“.
Tato spolupráce otvírá studentům nové možnosti v zaměstnání i v dalším studiu, včetně zahraničního.






